Examinando por Autor "Yosa Reyes, Juvenal"
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Ítem Dynamic Effects of CYP2D6 Genetic Variants in a Set of Poor Metaboliser Patients with Infiltrating Ductal Cancer Under Treatment with Tamoxifen(Springer, 2019-02-21) Ariza Márquez, Yeimy Viviana; Briceño, Ignacio; Aristizábal, Fabio; Niño, Luis Fernando; Yosa Reyes, JuvenalBreast cancer is a group of multigenic diseases. It is the most common cancer diagnosed among women worldwide and is often treated with tamoxifen. Tamoxifen is catalysed by cytochrome P450 2D6 (CYP2D6), and inter-individual variations in the enzyme due to single nucleotide polymorphisms (SNPs) could alter enzyme activity. We evaluated SNPs in patients from Colombia in South America who were receiving tamoxifen treatment for breast cancer. Allelic diversity in the CYP2D6 gene was found in the studied population, with two patients displaying the poor-metaboliser phenotype. Molecular dynamics and trajectory analyses were performed for CYP2D6 from these two patients, comparing it with the common allelic form (CYP2D6*1). Although we found no significant structural change in the protein, its dynamics differ significantly from those of CYP2D6*1, the effect of such differential dynamics resulting in an inefficient enzyme with serious implications for tamoxifen-treated patients, increasing the risk of disease relapse and ineffective treatment.Ítem Identificación de variantes en genes asociados a la resistencia y la fuerza muscular en dos grupos de deportistas del Pacífico colombiano(Ediciones Universidad Simón Bolívar, 2024) Fontecha Pacheco, Briyis Suranny; Leyva Rojas, Jorge A.; Yosa Reyes, Juvenal“Sportomics” u ómica del deporte es un enfoque interdisciplinario que combina la genómica, proteómica y metabolómica en las ciencias deportivas, cuyo objetivo principal es descubrir los mecanismos moleculares del rendimiento deportivo mediante la identificación de biomarcadores. Múltiples polimorfismos han sido reportados en genes que influyen en el rendimiento de deportistas cuyas disciplinas se basan en la resistencia y fuerza muscular. En Colombia, la investigación en genética deportiva es limitada, lo que genera una brecha en el conocimiento de esta rama de las ciencias en el ámbito nacional, por lo que, al disponer de la secuenciación genómica de dos grupos de deportistas de alto rendimiento del Valle del Cauca, específicamente halterofilistas y ciclistas, se llevó a cabo el presente estudio. Estas secuenciaciones fueron obtenidas a partir de un macroproyecto inicial denominado “Identificación de variantes en genes asociados con la modulación autonómica por la variabilidad de la frecuencia cardiaca en deportistas de alto rendimiento del Valle del Cauca” del Dr. Yecid Mina de la Escuela Nacional del Deporte, quien para los fines pertinentes de este estudio facilito los datos. Tras una revisión en la literatura se seleccionaron los siguientes genes por su función, impacto y asociación de los diferentes genotipos en el rendimiento de los deportistas que se desempeñaban en la población de estudio: ACTN3, involucrado en la contracción muscular rápida, importante para la fuerza explosiva; ECA, regulador de la presión arterial y el flujo sanguíneo, impactando la resistencia cardiovascular; AMPD1, el cual participa en el metabolismo energético, crucial para la producción de energía durante el ejercicio; CDKN1A, que interviene en la reparación del ADN y la apoptosis celular, claves para la recuperación muscular; HFE, regulador de la absorción de hierro, esencial para el transporte de oxígeno a los músculos; MYBPC3, que influye en la estructura y función del corazón, vital para la resistencia cardiovascular; NFIA-AS2, modulador de la respuesta al estrés, importante para la adaptación al entrenamiento; PPARA y PPARGC1A, que intervienen en el metabolismo de lípidos y glucosa, claves para la producción de energía; LRPPRC, que participa en la regulación del crecimiento muscular, importante para la hipertrofia; MMS22L, que interviene en la reparación del ADN, crucial para la recuperación muscular; y PHACTR1, regulador de la apoptosis celular, importante para la eliminación de células dañadas. El objetivo de este estudio fue determinar la presencia de variantes genéticas en los genes ACTN3, ECA, AMPD1, CDKN1A, HFE, MYBPC3, NFIA-AS2, PPARA, PPARGC1A, LRPPRC, MMS22L y PHACTR1 en dos grupos de deportistas de alto rendimiento del pacifico colombiano: halterofilistas y ciclistas. Mediante herramientas de bioinformática se realizó el análisis de homología de secuencias en donde se determinó la presencia de polimorfismos de único nucleótido (Single Nucleotide Polymorphism SNPs) en las secuenciaciones genéticas de diecinueve deportistas de alto rendimiento de los cuales once eran halterofilistas y ocho ciclistas. En el análisis genético y estadístico no se revelaron diferencias significativas entre las dos poblaciones de deportistas en cuanto a las variantes genéticas identificadas. En el caso de los halterofilistas: el 54,5% presentó el SNP C > T en el gen ACTN3, el 72,7% el SNP G > A en el gen ECA, el 27,3% el SNP A > C en el gen CDKN1A, el 9,1% el SNP C > G en el gen HFE, el 54,5% presentó el SNP C > T en el gen MYBPC3, el 18,2% el SNP G > T en el gen NFIA-AS2, el 54,5% el SNP G > C en el gen PPARA, el 27,3% el SNP C > T en el gen PPARGC1A, el 18,2% el SNP A > G en el gen LRPPRC, el 90,9% el SNP T > C en el gen MMS22L y el 63,6% el SNP C > T en el gen PHACTR1. No hubo presentación de polimorfismos en el gen AMPD1. En el caso de los ciclistas: el 62,5% presento el SNP C > T en el gen ACTN3, el 25,0% el SNP G > A en el gen AMPD1, el 75,0% el SNP G > A en el gen ECA, el 25,0% el SNP A > C en el gen CDKN1A, el 12,5% el SNP C > G en el gen HFE, el 37,5% presento el SNP C > T en el gen MYBPC3, el 12,5% el SNP G > T en el gen NFIA-AS2, el 12,5% el SNP G > C en el gen PPARA, el 87,5% el SNP C > T en el gen PPARGC1A, el 50,0% el SNP A > G en el gen LRPPRC, el 50,0% el SNP T > C en el gen MMS22L y el 25,0% el SNP C > T en el gen PHACTR1. A pesar de las diferentes demandas metabólicas asociadas con las disciplinas deportivas de los ciclistas (actividades aeróbicas) y los halterofilistas (actividades anaeróbicas), no se encontró un único tipo de polimorfismo en cada grupo estudiado. Esto sugiere que las variantes genéticas no están estrechamente relacionadas con la elección deportiva ni con el metabolismo específico. Se destaca la importancia de considerar otros factores, como la nutrición y las ayudas ergogénicas, así como investigar más genes relacionados con el metabolismo para comprender completamente la interacción gen-ambiente en las respuestas al ejercicio. Este estudio proporciona una visión inicial sobre las variantes genéticas presentes en deportistas de alto rendimiento del Valle del Cauca en disciplinas de halterofilia y ciclismo. Aunque se encontraron diferencias entre los grupos en cuanto a los SNPs identificados, se necesita una investigación más exhaustiva para comprender completamente cómo estas variantes genéticas afectan el rendimiento deportivo. Esto resalta la importancia de continuar explorando el campo de la genética deportiva y considerar múltiples factores que influyen en el rendimiento deportivo.Ítem Mecanismo de la ATPasa tipo P CtpF de Mycobacterium tuberculosis como diana para nuevos antibióticos antituberculosis(Ediciones Universidad Simón Bolívar, 2024) Pestana Nobles, Roberto Carlos; Yosa Reyes, Juvenal; Leyva Rojas, Jorge AlonsoMycobacterium tuberculosis (Mtb), el agente causal de la tuberculosis (TB), se clasifica predominantemente como un patógeno del sistema respiratorio, aunque tiene la capacidad de afectar otros órganos y tejidos del cuerpo. Esta enfermedad representa un desafío significativo en países con recursos económicos limitados, donde aproximadamente 1,5 millones de individuos fallecen anualmente a causa de esta. El tratamiento actual para la TB sigue las directrices establecidas por la Organización Mundial de la Salud (OMS), consistiendo principalmente en un tratamiento usando fármacos de primera línea: isoniacida (INH), rifampicina (RIF), etambutol (EMB) y pirazinamida (PZA). Una problemática central en el manejo de la TB es la interrupción prematura del tratamiento anti-TB, factor que contribuye significativamente a la aparición y propagación de cepas de Mtb resistentes a múltiples medicamentos, conocidas como Tuberculosis multi-resistente (TB-MDR) y Tuberculosis extremadamente-resistente (TB-XDR). Ante la necesidad urgente de superar las limitaciones de los tratamientos actuales y prevenir el desarrollo de resistencias bacterianas, se hace imperativo buscar y validar nuevos blancos terapéuticos que ofrezcan mecanismos alternativos de acción. En este contexto, emergen como blancos prometedores las ATPasas tipo P de Mtb, unas proteínas de membrana que catalizan el transporte de iones contra gradientes de concentración utilizando la energía derivada de la hidrólisis del ATP. Estas proteínas juegan roles esenciales en los procesos de transporte celular y en la interacción entre el patógeno y su huésped, convirtiéndose en candidatos ideales para el desarrollo de nuevas estrategias terapéuticas debido a su ubicación accesible en la membrana celular, lo cual facilita el abordaje por parte de agentes farmacológicos sin enfrentar obstáculos significativos de permeabilidad. Por lo que en este estudio se seleccionó la proteína CtpF, una bomba de eflujo específica para iones de calcio, la cual se encuentra implicada en mecanismos de defensa y supervivencia de la Mtb dentro del macrófago. Con el fin de tener una representación más fiel al entorno químico de la proteína, esta fue modelada dentro de una membrana lipídica compuesta por 1-palmitoil-2-oleoil-fosfatidilcolina (POPC) usando el servidor CHARMMGUI. Con este sistema construido se procedió a realizar una dinámica molecular gaussiana acelerada (GaMD) por 1 microsegundo, con el fin de explorar los movimientos intrínsecos de la proteína. La modelación de la proteína CtpF dentro de un ambiente simulado permitió estudiar la dinámica de la proteína y como esta se relaciona con su mecanismo enzimático, además se lograron identificar 4 compuestos con potencia inhibitoria para la proteína CtpF. A través de docking molecular, se evaluaron en total 670.000 moléculas, de las cuales 4 resultaron ser posibles inhibidores para la proteína CtpF. Estos 4 posibles inhibidores fueron evaluados usando dinámica molecular y cálculos de energía de interacción a través de MMPBSA comparando sus resultados con un ligando de referencia Ácido ciclopiazónico (CPA), energía de unión: -31.8663, donde se lograron identificar los aminoácidos que juegan un papel clave en la interacción con los ligandos. Se identificaron los siguientes compuestos, ligando L_43303, nombre IUPAC: Morfolina urea 1,2,4,5-tetraoxano, código ChEMBL: CHEMBL259023, energía libre de unión de -23.2025 kcal/mol. Ligando L_59025, nombre IUPAC: 2,2'-espirobi[6,7,8,9-tetrahidro-3H-ciclopenta[a]naftaleno]-1,1'- diona, energía libre de unión: -24.1896 kcal/mol. Ligando L_4946, nombre IUPAC: 1-[4-[3-(1-quinolin-2-ilazetidin-3-il)pirazin-2-il]piperazin-1-il]etanona, energía libre de unión: -29.358 kcal/mol. Ligando L_113260, nombre IUPAC: 10-amino-12-(3- metilfenil)-1,3,13-triazapentaciclo[11,8,0,02,11,04,9,015,20]henicosa2,4(9),10,15,17,19-hexaeno-14,21-diona, código ChEMBL: CHEMBL4213928, energía libre de unión: -30.1867 kcal/mol. Siendo el ligando L_113260 como posible punto de partida para para el diseño de nuevos fármacos mediante técnicas de hitto-lead y docking molecular basado en fragmentos. Este enfoque de la modelación molecular promete abrir nuevas vías para el desarrollo de terapias más efectivas y rápidas contra la TB, abordando así uno de los problemas de salud pública más urgente a nivel global.