Reporte de nueva secuencia genómica del bacteriófago vB_EcoS_BaqEco
| datacite.rights | http://purl.org/coar/access_right/c_f1cf | |
| dc.contributor.advisor | Lozano Solano, Dayan Surig | |
| dc.contributor.author | Flórez Osorio, Camila | |
| dc.date.accessioned | 2024-12-06T20:52:19Z | |
| dc.date.available | 2024-12-06T20:52:19Z | |
| dc.date.issued | 2024 | |
| dc.description.abstract | Escherichia coli (E. coli) es una bacteria comúnmente encontrada en el tracto intestinal de seres humanos y animales de sangre caliente, y aunque muchas de sus cepas son inofensivas, algunas pueden causar graves enfermedades transmitidas a través de los alimentos, como aquellas que producen la toxina Shiga, generando enfermedades como diarrea, infecciones urinarias, sepsis y neumonía. Los bacteriófagos son virus que infectan bacterias y pueden tener un impacto considerable en la biología bacteriana, influenciando procesos como la producción de toxinas y enzimas, así como la transferencia de genes. Dado su potencial en la lucha contra infecciones bacterianas y en la identificación de patógenos, la investigación sobre bacteriófagos es de gran importancia, especialmente en el desarrollo de tratamientos antimicrobianos y en el diagnóstico rápido de infecciones bacterianas. En la investigación microbiológica, compartir los avances genómicos es esencial para el progreso científico. Plataformas públicas como GenBank, que proporciona acceso gratuito a secuencias de proteínas y ADN, juegan un papel crucial en la difusión del conocimiento. GenBank permite a los investigadores acceder a genomas completos, realizar comparaciones genómicas, y estudiar secuencias de ADN de diversas especies, incluyendo bacterias y virus. Esto no solo facilita el avance en áreas como la medicina y la biotecnología, sino que también apoya el diseño de nuevos tratamientos y herramientas basadas en la ingeniería genética. El presente estudio se centró en el aislamiento, caracterización y registro en GenBank del bacteriófago vB_EcoS_BaqEcoB, un fago específico para E. coli. Este fago se obtuvo utilizando la cepa ATCC 25922 de E. coli como huésped para su propagación. El registro de su genoma en GenBank constituye un paso importante en la investigación microbiológica, ya que permite la disponibilidad pública de su secuencia genética para su análisis y comparación con otras secuencias de fagos. El genoma de vB_EcoS_BaqEcoB fue secuenciado mediante la plataforma Illumina, utilizando el método de lecturas pareadas y ensamblaje con el software Spades V. 3.11.0. Además, se realizó la anotación de las secuencias codificantes de proteínas (CDS) mediante la plataforma online RAST-tk, identificando 131 CDS, de las cuales 27 presentaron una función predicha. El genoma de vB_EcoS_BaqEcoB es de ADN de doble cadena (dsDNA) con una longitud de 75,909 pares de bases y un contenido de G+C del 42.1%. Este bacteriófago es clasificado como un miembro de la familia Siphoviridae, dado que presenta una cápside icosaédrica no envuelta y una cola larga, flexible y no contráctil, características comunes en los fagos de esta familia. En términos de su comportamiento en medios de cultivo, vB_EcoS_BaqEcoB genera placas de lisis grandes en el medio LB, lo que indica su capacidad para infectar y lisar eficazmente a E. coli. El registro en GenBank de este fago no solo proporciona una fuente valiosa de información genética para futuros estudios, sino que también facilita la investigación comparativa y el diseño de terapias antimicrobianas específicas. La disponibilidad de secuencias genómicas de bacteriófagos específicos para E. coli, como vB_EcoS_BaqEcoB, abre nuevas posibilidades para desarrollar tratamientos biológicos que utilicen fagos como agentes terapéuticos, una alternativa prometedora frente a la creciente resistencia a antibióticos en bacterias patógenas. En la discusión, se destaca la importancia de plataformas como GenBank para el acceso global a secuencias genómicas, lo que permite que los científicos compartan sus hallazgos y trabajen en colaboración a nivel internacional. La divulgación de datos genómicos, como en este caso, contribuye al avance en la comprensión de las interacciones entre bacterias y sus fagos, lo que puede mejorar las estrategias para tratar infecciones bacterianas de manera más eficiente. Este tipo de investigaciones también tiene un impacto significativo en áreas como la agricultura y la producción de energía sostenible, donde los fagos pueden ser utilizados para controlar patógenos en cultivos o incluso en el tratamiento de residuos orgánicos. El estudio también resalta el potencial de los bacteriófagos en la medicina moderna. El uso de bacteriófagos como terapia antimicrobiana, en particular frente a infecciones causadas por bacterias multirresistentes, es una alternativa en auge. La capacidad de los fagos para infectar y destruir bacterias específicas, sin afectar a las células humanas, ofrece un enfoque muy preciso y eficiente para combatir infecciones resistentes. La información sobre los fagos, como la presentada en este estudio, será clave para el desarrollo de terapias de fagoterapia personalizadas, que complementen o incluso reemplacen los antibióticos tradicionales. En conclusión, el aislamiento, la caracterización y el registro en GenBank del bacteriófago vB_EcoS_BaqEcoB representan un avance significativo en la investigación microbiológica. La disponibilidad pública de su genoma facilita el análisis y la comparación con otros fagos, lo que permite el desarrollo de tratamientos antimicrobianos más específicos y efectivos. Este estudio no solo contribuye al entendimiento de las interacciones entre fagos y bacterias, sino que también abre nuevas vías para el desarrollo de terapias innovadoras en la lucha contra las infecciones bacterianas. | spa |
| dc.description.abstract | Escherichia coli (E. coli) is a bacterium commonly found in the intestinal tract of humans and warm-blooded animals. While many of its strains are harmless, some can cause serious foodborne illnesses, such as those producing Shiga toxin, leading to diseases like diarrhea, urinary tract infections, sepsis, and pneumonia. Bacteriophages are viruses that infect bacteria and can have a significant impact on bacterial biology, influencing processes such as toxin and enzyme production, as well as gene transfer. Due to their potential in combating bacterial infections and identifying pathogens, research on bacteriophages is of great importance, especially in the development of antimicrobial treatments and rapid bacterial infection diagnostics. In microbiological research, sharing genomic advances is essential for scientific progress. Public platforms like GenBank, which provides free access to protein and DNA sequences, play a crucial role in knowledge dissemination. GenBank allows researchers to access complete genomes, conduct genomic comparisons, and study DNA sequences from various species, including bacteria and viruses. This not only facilitates advancements in fields like medicine and biotechnology but also supports the design of new treatments and tools based on genetic engineering. This study focused on the isolation, characterization, and GenBank registration of the bacteriophage vB_EcoS_BaqEcoB, a specific phage for E. coli. This phage was obtained using the E. coli strain ATCC 25922 as a host for propagation. The registration of its genome in GenBank represents an important step in microbiological research, as it makes its genetic sequence publicly available for analysis and comparison with other phage sequences. The genome of vB_EcoS_BaqEcoB was sequenced using the Illumina platform, employing paired-end reads and assembly with Spades V. 3.11.0 software. Additionally, coding sequence (CDS) annotation was performed using the online platform RAST-tk, identifying 131 CDS, 27 of which had a predicted function. The genome of vB_EcoS_BaqEcoB is double-stranded DNA (dsDNA) with a length of 75,909 base pairs and a G+C content of 42.1%. This bacteriophage is classified as a member of the Siphoviridae family, as it has an icosahedral, non-enveloped capsid and a long, flexible, non-contractile tail, which are typical features of phages from this family. In terms of behavior in culture media, vB_EcoS_BaqEcoB forms large lysis plaques on LB medium, indicating its ability to infect and effectively lyse E. coli. The GenBank registration of this phage not only provides a valuable source of genetic information for future studies but also facilitates comparative research and the design of specific antimicrobial therapies. The availability of genomic sequences of bacteriophages specific to E. coli, such as vB_EcoS_BaqEcoB, opens new possibilities for developing biological treatments using phages as therapeutic agents, a promising alternative to the growing antibiotic resistance in pathogenic bacteria. The discussion emphasizes the importance of platforms like GenBank for global access to genomic sequences, allowing scientists to share their findings and collaborate internationally. The dissemination of genomic data, as in this case, contributes to advancing the understanding of the interactions between bacteria and their phages, which can improve strategies for treating bacterial infections more efficiently. This type of research also has significant impacts in areas such as agriculture and sustainable energy production, where phages can be used to control pathogens in crops or even in the treatment of organic waste. The study also highlights the potential of bacteriophages in modern medicine. The use of bacteriophages as antimicrobial therapy, particularly against infections caused by multidrug-resistant bacteria, is an emerging alternative. The ability of phages to infect and destroy specific bacteria without affecting human cells offers a highly precise and efficient approach to combating resistant infections. Information about phages, such as that presented in this study, will be key to developing personalized phage therapy, complementing or even replacing traditional antibiotics. In conclusion, the isolation, characterization, and GenBank registration of bacteriophage vB_EcoS_BaqEcoB represent a significant advancement in microbiological research. The public availability of its genome facilitates analysis and comparison with other phages, enabling the development of more specific and effective antimicrobial treatments. This study not only contributes to understanding the interactions between phages and bacteria but also opens new avenues for the development of innovative therapies in the fight against bacterial infections. | eng |
| dc.format.mimetype | ||
| dc.identifier.uri | https://hdl.handle.net/20.500.12442/16047 | |
| dc.language.iso | spa | |
| dc.publisher | Ediciones Universidad Simón Bolívar | spa |
| dc.publisher | Facultad de Ciencias Básicas y Biomédicas | spa |
| dc.rights.accessrights | info:eu-repo/semantics/embargoedAccess | |
| dc.subject | Escherichia Coli | spa |
| dc.subject | GenBank | spa |
| dc.subject | Secuencia genómica | spa |
| dc.subject | Genoma | spa |
| dc.subject.keywords | Escherichia Coli | eng |
| dc.subject.keywords | GenBank | eng |
| dc.subject.keywords | Genomic Sequence | eng |
| dc.subject.keywords | Genome | eng |
| dc.title | Reporte de nueva secuencia genómica del bacteriófago vB_EcoS_BaqEco | spa |
| dc.type.driver | info:eu-repo/semantics/other | |
| dc.type.spa | Trabajo de grado - pregrado | |
| dcterms.references | E. coli. (s/f). Who.int. Recuperado el 31 de octubre de 2024, de https://www.who.int/news-room/fact-sheets/detail/e-coli | spa |
| dcterms.references | CDC. (2024, julio 5). About Escherichia coli infection. E. coli Infection (Escherichia coli). https://www.cdc.gov/ecoli/about/index.html | eng |
| dcterms.references | Domínguez Navarrete, N. (2020). Bacteriófagos. Revista de la Facultad de Medicina Humana, 20(1), 164–165. | spa |
| dcterms.references | Gunathilaka GU, Yahlan V, Mafiz A, Polur M, Zhang. Phages in urban wastewater have the potential to disseminate antibiotic resistence. Int J Antimicrob Agents. 2017 Nov:50(5):678-683. | eng |
| dcterms.references | About BankIt submission. (s/f). Nih.gov. Recuperado el 31 de octubre de 2024, de https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/about/bankit/ | eng |
| dcterms.references | Antipov D., Korobeynikov A., McLean J., Pevzner P. 2016. hybridSPAdes: an algorithm for hybrid assembly of short and long reads. Bioinformatics; 32, (7): 1009–15. | eng |
| dcterms.references | Brettin T. Et. Al. 2015. RASTtk: A modular and extensible implementation of the RAST algorithm for building custom annotation pipelines and annotating batches of genomes. Scientific Reports; 5, Article number: 8365. | eng |
| dcterms.references | Ministerio de ciencia y tecnología. Colombia. 2024. Anexo 1. convocatoria nacional para el reconocimiento y medición de grupos de investigación, desarrollo tecnológico o de innovación y para el reconocimiento de investigadores del sistema nacional de ciencia, tecnología e innovación - 2024 | spa |
| oaire.version | info:eu-repo/semantics/acceptedVersion | |
| sb.programa | Microbiología | spa |
| sb.sede | Sede Barranquilla | spa |
Archivos
Bloque de licencias
1 - 1 de 1
No hay miniatura disponible
- Nombre:
- license.txt
- Tamaño:
- 2.93 KB
- Formato:
- Item-specific license agreed upon to submission
- Descripción: