Mostrar el registro sencillo del ítem

dc.contributor.authorRamos Ospino, Angélica
dc.contributor.authorGómez Alvarez, Margarita
dc.contributor.authorMachado-Sierra, Elwi
dc.contributor.authorAranguren, Yani
dc.date.accessioned2020-09-07T20:38:23Z
dc.date.available2020-09-07T20:38:23Z
dc.date.issued2020
dc.identifier.issn25005308
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12442/6417
dc.description.abstractIn Sierra Nevada de Santa Marta, cacao plantations are comprised of commercial hybrid cultivars, and although native cacaos are found, they are not widely cultivated. Given the need to verify if these cacao varieties found in the Sierra region belong to the Criollo type genetic group, a phenotypic and genotypic characterization of cacao from the municipality Dibulla, La Guajira was carried out. For this, 11 cultivars were sampled in Mingueo. Phenotypic traits were evaluated using UPOV descriptors for cacao. The qualitative and quantitative parameters were compared through cluster and principal component analyses (PCA), and the quantitative variables through the non-parametric Mann-Whitney test. Molecular biology protocols were standardized, and the ITS region was sequenced to assess genetic relationships. From the sequences, groupings were carried out utilizing distance and phylogenetic methods. Finally, significant differences were found among the seeds (p = 0.01), and the white coloration of the cotyledon of the criollos or native stands out in contrast to the dark purple coloration of the hybrids. The cluster analysis, PCA, and sequence analysis groupings, showed differences between the group of native cacaos and commercial hybrids cultivated; in addition, native cacaos are related to the Criollo type group.eng
dc.description.abstractEn la Sierra Nevada de Santa Marta los cultivos de cacao están conformados mayoritariamente por cultivares híbridos comerciales y, aunque se encuentran cacaos nativos, estos son poco cultivados. Dada la necesidad de verificar si estos cultivares de cacao encontrados en la Sierra pertenecen al grupo genético tipo Criollo, se realizó una caracterización fenotípica y genotípica de cacaos del municipio Dibulla, La Guajira. Para esto, se muestrearon 11 cultivares en Mingueo. Los rasgos fenotípicos se evaluaron empleando descriptores UPOV para cacao. Los parámetros cualitativos y cuantitativos se cotejaron por análisis de conglomerado y análisis de componentes principales (ACP), y las variables cuantitativas se compararon a través de la prueba no paramétrica test de Mann-Whitney. Para evaluar las relaciones genéticas, se estandarizaron protocolos de biología molecular y se secuenció la región ITS. A partir de las secuencias, se realizaron agrupamientos por métodos de distancia y filogenéticos. Finalmente, se encontraron diferencias significativas entre las semillas (p = 0,01), y resalta la coloración blanca del cotiledón de los criollos en contraste con la coloración púrpura oscura de los híbridos. Asimismo, los análisis de conglomerados, ACP y los análisis de secuencias demostraron diferencias entre el grupo de los cacaos nativos y los híbridos comerciales cultivados; además, los cacaos nativos se emparentan con el grupo de cacao tipo Criollo.spa
dc.format.mimetypepdfspa
dc.language.isoengspa
dc.publisherCorporación Colombiana de Investigación Agropecuaria (AGROSAVIA)spa
dc.rightsAttribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internacional*
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/*
dc.sourceCiencia y Tecnología Agropecuaria. Cienc. Tecnol. Agropecuariaspa
dc.subjectCriollo cacaoeng
dc.subjectGenotypeeng
dc.subjectGermplasmeng
dc.subjectPhenotypeeng
dc.subjectUPOV descriptorseng
dc.subjectCacao criollospa
dc.subjectDescriptores UPOVspa
dc.subjectFenotipospa
dc.subjectGenotipospa
dc.subjectGermoplasmaspa
dc.titlePhenotypic and genotypic characterization of cacao cultivars (Theobroma cacao L.) from Dibulla, La Guajira, Colombiaeng
dcterms.referencesAndrade-Aguirre, C. M., & Angulo-Reynoso, V. (2007). La viabilidad económica del cultivo del cacao en México a través de una economía sostenible. [Undergraduate thesis, Universidad de las Américas Puebla]. Repositorio Colección de tesis digitales. http://catarina.udlap.mx/u_dl_a/tales/documentos/lri/andrade_a_cm/spa
dcterms.referencesAranguren-Díaz, Y. C., Varani, A. M., Michael, T. P., & Miranda, V. F. O. (2018). Development of microsatellite markers for the carnivorous plant Genlisea aurea (Lentibulariaceae) using genomics data of NGS. Molecular Biology Reports, 45(1), 57-61. https://doi.org/10.1007/s11033-017-4140-1eng
dcterms.referencesAranguren, Y., Briceño, A., & Fermin, G. (2010). Assessment of the variability of Venezuelan guava landraces by microsatellites. Acta Horticulturae, 849, 147-154. http://doi.org/10.17660/ActaHortic.2010.849.16eng
dcterms.referencesAranzazu, H. F., Martínez, G. N., Palencia, C. G., Coronado, R., & Rincón, G. D. (2009). Manejo del recurso genético para incrementar la producción y productividad del sistema de cacao en Colombia. Federación Nacional de Cacaoteros-Corporación Colombiana de Investigación Agropecuaria-Ministerio de Agricultura y Desarrollo Rural.spa
dcterms.referencesAvendaño-Sánchez, M., Espinoza-Velázquez, J., Gutiérrez-López, A., Flores-Gallegos, A. C., & Rodríguez-Herrera, R. (2015). Secuencias nucleotídicas de la región ITS en familias S. y PL de maíces poliembriónicos. Revista Mexicana de Ciencias Agrícolas, 6(3), 509-521. http://www.scielo.org.mx/pdf/remexca/v6n3/v6n3a6.pdfspa
dcterms.referencesAvendaño, C., Cueto, J., Mendoza, A., Lopez, P., Sandoval, A., & Aguirre, J. (2014). Graphic Handbook for Description of Cocoa Varieties (Theobroma cacao L.). Instituto de investigación forestales, agrícolas y pecuarias.eng
dcterms.referencesAzofeifa-Delgado, Á. (2006). Uso de marcadores moleculares en plantas; aplicaciones en frutales el trópico. Agronomía Mesoamericana, 17(2), 221-241. https://doi.org/10.15517/am.v17i2.5163spa
dcterms.referencesBennett, A. B. (2003). Out of the Amazon: Theobroma cacao enters the genomic era. Trends in Plant Science, 8(12), 561-563. https://doi.org/10.1016/j.tplants.2003.10.004eng
dcterms.referencesBenson, D. A., Cavanaugh, M., Clark, K., Karsch-Mizrachi, I., Lipman, D. J., Ostell, J., & Sayers, E. W. (2012). GenBank. Nucleic Acids Research, 41(D1), D36-D42. https://doi.org/10.1093/nar/gks1195eng
dcterms.referencesBhattacharjee, R., & Kumar, P. L. (2007). Cacao. En C. Kole (Ed.), Technical Crops (pp. 127-142). Springer Berlin Heidelberg. http://doi.org/10.1007/978-3-540-34538-1eng
dcterms.referencesBotero, K., & Arias, T. (2018). Uso de las ciencias ómicas para el mejoramiento genético de cultivos. Revista de Ciencias Agrícolas, 35(2), 64-78. https://doi.org/10.22267/rcia.183502.92spa
dcterms.referencesChagné, D., Batley, J., Edwards, D., & Forster, J. W. (2007). Single Nucleotide Polymorphism Genotyping in Plants. En N. C. Oraguzie, E.H.A. Rikkerink, S. E. Gardiner, H. N. De Silva (Eds.), Association Mapping in Plants (pp. 77-94). Springer New York. https://doi.org/10.1007/978-0-387-36011-9_5eng
dcterms.referencesChia-Wong, J. A. (2009). Caracterización molecular mediante marcadores ISSR de una colección de 50 árboles clonales e híbridos de cacao (Theobroma cacao L.) de la UNAS-Tingo María. [Master's thesis, Universidad Nacional Mayor de San Marcos]. http://cybertesis.unmsm.edu.pe/handle/cybertesis/244spa
dcterms.referencesDe La Cruz-Medina, J., Vargas-Ortiz, M., & Del Ángel-Coronel, O. (2012). Cacao: operaciones poscosecha. Food and Agriculture Organization Of the United Nations (FAO). http://www.fao.org/3/a-au995s.pdfeng
dcterms.referencesDe Wever, J., Everaert, H., Coppieters, F., Rottiers, H., Dewettinck, K., Lefever, S., & Messens, K. (2019). The development of a novel SNP genotyping assay to differentiate cacao clones. Scientific Reports, 9(1), 9512. https://doi.org/10.1038/s41598-019-45884-8eng
dcterms.referencesFood and Agriculture Organization (FAO). (2017). FAOSTAT Statistical Database. http://www.fao.org/faostat/ en/#data/QCeng
dcterms.referencesGarcía, L. (2009). Catálogo de cultivares de cacao. Ministerio de Agricultura.spa
dcterms.referencesGutiérrez-López, N., Ovando-Medina, I., Salvador-Figueroa, M., Molina-Freaner, F., Avendano-Arrazate, C. H., & Vázquez-Ovando, J. A. (2016). Unique haplotypes of cacao trees as revealed by trnH-psbA chloroplast DNA. PeerJ, 4, e1855. https://doi.org/10.7717/peerj.1855eng
dcterms.referencesHenao, A., Salazar, H., & Urrea, A. (2017). Quality of cocoa (Theobroma cacao L.) DNA from foliar tissue at different stages of development. Acta Agronomica, 67(2), 311-318. https://doi.org/10.15446/acag.v67n2.63 046eng
dcterms.referencesJagoret, P., Michel-Dounias, I., & Malézieux, E. (2011). Long-term dynamics of cocoa agroforests: a case study in central Cameroon. Agroforestry Systems, 81(3), 267-278. https://doi.org/10.1007/s10457-010-9368-xeng
dcterms.referencesKumar, S., Stecher, G., Li, M., Knyaz, C., & Tamura, K. (2018). MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across Computing Platforms. Molecular Biology and Evolution, 35(6), 1547-1549. https://doi.org/ 10.1093/molbev/msy096eng
dcterms.referencesLanaud, C., & Risterucci, A. M. (1999). Isolation and characterization of microsatellites in Theobroma cacao L. Molecular Ecology, 8(12), 2141-2152. https://doi.org/10.1046/j.1365-294x.1999.00802.xeng
dcterms.referencesLodhi, M. A., Ye, G.-N., Weeden, N. F., & Reisch, B. I. (1994). A simple and efficient method for DNA extraction from grapevine cultivars andVitis species. Plant Molecular Biology Reporter, 12(1), 6-13. https://doi.org/10 .1007/BF02668658eng
dcterms.referencesLópez-Medina, S. E. (2017). Características germinativas de semillas de Theobroma cacao L. (Malvaceae) “cacao”. Arnaldoa, 24(2), 609-618. https://doi.org/10.22497/arnaldoa.242.24212spa
dcterms.referencesMartínez, A., Lesher, J., & Jiménez, M. (2013). Comparación de tres métodos para la extracción de ARN total a partir de hojas de cacao. Artículo Original Biotecnología Vegetal, 13(2), 93-98. https://revista.ibp.co.cu/inde x.php/BV/article/view/100/82spa
dcterms.referencesMiranda, V. F. O. de, Martins, V. G., Furlan, A., & Bacci Jr., M. (2010). Plant or fungal sequences? An alternative optimized PCR protocol to avoid ITS (nrDNA) misamplification. Brazilian Archives of Biology and Technology, 53(1), 141-152. https://doi.org/10.1590/S1516-89132010000100018eng
dcterms.referencesMotamayor, J. C., Risterucci, A. M., López, P. A., Ortiz, C. F., Moreno, A., & Lanaud, C. (2002). Cacao domestication I: the origin of the cacao cultivated by the Mayas. Heredity, 89(5), 380-386. https://doi.org/ 10.1038/sj.hdy.6800156eng
dcterms.referencesNavarro-Prado, M., & Mendoza-Alonso, I. (2006). Cultivo del Cacao en Sistemas Agroforestales. ProDeSoc.spa
dcterms.referencesNúñez-Colín, C., & Espodedo-López, D. (2014). Caracterización de germoplasma vegetal: la piedra angular en el estudio de los recursos fitogenéticos. Acta Agrícola y Pecuaria, 1(1), 1-6.spa
dcterms.referencesOicatá, M. (1986). Caracterización de 62 clones nacionales de cacao existentes en el banco de germoplasma del CNI Palmira. Instituto Colombiano Agropecuario (ICA). http://hdl.handle.net/20.500.12324/31979spa
dcterms.referencesPerea, A., Aranzazu, F., & Martinez, N. (2013). Caracteristicas de calidad del cacao de Colombia: Catalogo de 26 cultivares. Federación Nacional de Cacaoteros.spa
dcterms.referencesPoland, J. A., & Rife, T. W. (2012). Genotyping-by-Sequencing for Plant Breeding and Genetics. The Plant Genome, 5(3), 92-102. https://doi.org/10.3835/plantgenome2012.05.0005eng
dcterms.referencesQuijada, A., Méndez-Cárdenas, G., Hernández-Baños, B., & Álvarez-Buylla, E. (2017). La región de los ITS del ADN ribosomal del núcleo (mrADN), fuente de caracteres moleculares en la sistemática de las gimnospermas. Botanical Sciences, 60, 159. https://doi.org/10.17129/botsci.1527spa
dcterms.referencesRoa-Romero, H., Salgado-Mora, M., & Álvarez-Herrera, J. (2009). Análisis de la estructura arbórea del sistema agroforestal de cacao (Theobroma cacao L.) en el Soconusco, Chiapas - México. Acta Biológica Colombiana, 14, 97-109. https://doi.org/10.15446/abcspa
dcterms.referencesRocha, P. (2003). Marcadores moleculares, una herramienta útil para la selección genética de palma de aceite. Palmas, 24(42), 11-25.spa
dcterms.referencesRodríguez-Medina, C., Arana, A. C., Sounigo, O., Argout, X., Alvarado, G. A., & Yockteng, R. (2019). Cacao breeding in Colombia, past, present and future. Breeding Science, 69(3), 373-382. https://doi.org/10.1270/ jsbbs.19011eng
dcterms.referencesRomero, C., & Urrego, E. (2016). Estudio del cacao en el Perú y en el Mundo. Ministerio de Agricultura y Riego.spa
dcterms.referencesRuiz, X. (2014). Diversidad Genética de cacao Theobroma cacao L. con Marcadores moleculares microsatélites. [Master's thesis, Universidad Nacional de Colombia, sede Palmira]. Repositorio UNAL. http://bdigital.una l.edu.co/39793/1/7211504.2014.pdfspa
dcterms.referencesSchrader, C., Schielke, A., Ellerbroek, L., & Johne, R. (2012). PCR inhibitors - occurrence, properties and removal. Journal of Applied Microbiology, 113(5), 1014-1026. https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2012.05384.xeng
dcterms.referencesTamura, K. (1992). Estimation of the number of nucleotide substitutions when there are strong transitiontransversion and G+C-content biases. Molecular Biology and Evolution, 9(4), 678-687. https://doi.org/10.1 093/oxfordjournals.molbev.a040752eng
dcterms.referencesUnión Internacional para la Protección de las Obtenciones Vegetales (UPOV). (2011). Directrices para la ejecución del examen de la distinción, la homogenieidad y la estabilidad. Cacao ‘Theobroma cacao’ L. Unión Internacional para la Protección de las Obtenciones Vegetales. https://www.upov.int/edocs/mdocs/upov/es/tc/47/tg_ca cao_proj_4.pdfspa
dcterms.referencesVentura, M., González, A., & Batista, L. (2004). Selección de árboles de cacao (Theobroma cacao ) nativo e híbrido de buena calidad y rendimiento. Instituto Dominicano de Investigaciones Agropecuarias y Forestales (IDIAF).spa
dcterms.referencesWhite, T., Bruns, T., Lee, S., & Taylor, J. (1990). Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. En I. MA, D. Gelfand, J. Sninsky & T. White (Eds.), PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications (pp. 315). New York: Academic Press.eng
dcterms.referencesYe, J., Coulouris, G., Zaretskaya, I., Cutcutache, I., Rozen, S., & Madden, T. L. (2012). Primer-BLAST: A tool to design target-specific primers for polymerase chain reaction. BMC Bioinformatics, 13(1), 134. https://doi.o rg/10.1186/1471-2105-13-134eng
dcterms.referencesYoung, A. M. (2008). e Chocolate Tree: A Natural History of Cacao. Culture & Agriculture, 30(1-2), 63-64. https://doi.org/10.1111/j.1556-486X.2008.00009.xeng
dcterms.referencesZambrano, J. (2017). Relaciones filogenéticas entre tipos de cacao (Theobroma cacao L.): forastero, trinitario y nacional, basadas en marcadores morfológicos y secuencias nucleotídicas de la región ITS; y su posible uso en la identificación de clones. [Undergraduate thesis, Universidad Técnica Estatal de Quevedo]. Repositorio Digital. UTEQ. http://repositorio.uteq.edu.ec/handle/43000/2722spa
dcterms.referencesZarrillo, S., Gaikwad, N., Lanaud, C., Powis, T., Viot, C., Lesur, I., Fouet, O., Argout, X., Guichoux, E., Salin, F., Loor-Solorzano, R., Bouchez, O., Vignes, H., Severts, P., Hurtado, J., Yepez, A., Grivetti, L., Blake, M., & Valdez, F. (2018). The use and domestication of Theobroma cacao during the mid-Holocene in the upper Amazon. Nature Ecology & Evolution, 2(12), 1879-1888. https://doi.org/10.1038/s41559-018-0697-xeng
dc.rights.accessrightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessspa
datacite.rightshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2spa
oaire.versioninfo:eu-repo/semantics/publishedVersionspa
dc.type.driverinfo:eu-repo/semantics/articlespa
dc.title.translatedCaracterización fenotípica y genotípica de cultivares de cacao (Theobroma cacao L.) de Dibulla, La Guajira, Colombiaspa
dc.identifier.doihttps://doi.org/10.21930/rcta. vol21_num3_art: 1557
dc.identifier.urlhttp: // revistacta. agrosavia.co/index.php/ revista / article / view / 1557/775
dc.type.spaArtículo científicospa


Ficheros en el ítem

Thumbnail
Thumbnail

Este ítem aparece en la(s) siguiente(s) colección(ones)

  • Artículos
    Artículos científicos evaluados por pares

Mostrar el registro sencillo del ítem

Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internacional
Excepto si se señala otra cosa, la licencia del ítem se describe como Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internacional