Examinando por Autor "Acosta-Hoyos, Antonio J."
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Ítem Anomaly identification during polymerase chain reaction for detecting SARS-cov-2 using artificial intelligence trained from simulated data(MDPI, 2021) Villarreal-González, Reynaldo; Acosta-Hoyos, Antonio J.; Garzón-Ochoa, Jaime A.; Galán-Freyle, Nataly J.; Amar-Sepúlveda, Paola; Pacheco-Londoño, Leonardo C.Real-time reverse transcription (RT) PCR is the gold standard for detecting Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2), owing to its sensitivity and specificity, thereby meeting the demand for the rising number of cases. The scarcity of trained molecular biologists for analyzing PCR results makes data verification a challenge. Artificial intelligence (AI) was designed to ease verification, by detecting atypical profiles in PCR curves caused by contamination or artifacts. Four classes of simulated real-time RT-PCR curves were generated, namely, positive, early, no, and abnormal amplifications. Machine learning (ML) models were generated and tested using small amounts of data from each class. The best model was used for classifying the big data obtained by the Virology Laboratory of Simon Bolivar University from real-time RT-PCR curves for SARS-CoV-2, and the model was retrained and implemented in a software that correlated patient data with test and AI diagnoses. The best strategy for AI included a binary classification model, which was generated from simulated data, where data analyzed by the first model were classified as either positive or negative and abnormal. To differentiate between negative and abnormal, the data were reevaluated using the second model. In the first model, the data required preanalysis through a combination of prepossessing. The early amplification class was eliminated from the models because the numbers of cases in big data was negligible. ML models can be created from simulated data using minimum available information. During analysis, changes or variations can be incorporated by generating simulated data, avoiding the incorporation of large amounts of experimental data encompassing all possible changes. For diagnosing SARS-CoV-2, this type of AI is critical for optimizing PCR tests because it enables rapid diagnosis and reduces false positives. Our method can also be used for other types of molecular analyses.Ítem Avances investigativos en nefritis lúpica(Ediciones Universidad Simón Bolívar, 2020) Aroca Martínez, Gustavo; Vélez-Verbel, María D.; González-Torres, Henry J.; De La Cruz, Fernando; Navarro Quiroz, Roberto; Navarro Quiroz, Elkin; Pacheco Lugo, Lisandro; Arrieta Bravo, Valentina; Díaz Olmos, Yirys; Gómez Escorcia, Lorena; Acosta-Hoyos, Antonio J.El lupus eritematoso sistémico (LES) es una enfermedad autoinmune recurrente-remitente caracterizada por la pérdida de tolerancia a los ácidos nucleicos y manifestaciones clínicas muy diversas. la heterogeneidad clínica, junto con la posible gravedad de estas manifestaciones, hacen que el tratamiento del LES sea un desafío distinto. A pesar de los avances recientes en los protocolos de tratamiento, varios estudios han señalado que los pacientes con LES todavía tienen un riesgo general de muertes de 2 a 3 veces mayor. Adicionalmente, existe grandes desafíos a nivel diagnóstico y la búsqueda de biomarcadores que permitan una rápida detención de afecciones como la real. El libro Avances Investigativos en Nefritis Lúpica compila conocimientos recientes sobre la base genética, molecular de la nefritis lúpica, nuevos biomarcadores diagnóstico, su potencial uso y el rol de las infecciones en esta enfermedad.Ítem Comportamiento y distribución poblacional de la enfermedad por el virus sars-cov-2 en la población de la ciudad de Barranquilla en el periodo entre 18 de abril y el 31 de mayo de 2020(Ediciones Universidad Simón Bolívar, 2020) Cantillo Quimbayo, Cristóbal Alberto; Campo Martínez, José Alejandro; Sánchez Beltrán, Leonardo Fabio; González-Torres, Henry; Acosta-Hoyos, Antonio J.Un nuevo brote de coronavirus surgió el pasado 31 de diciembre de 2019 en Wuhan, China, causando conmoción entre la comunidad médica y el resto del mundo. Este nuevo coronavirus fue denominado SARS-CoV-2, responsable de la enfermedad COVID-19, causante de un gran número de casos y fallecimientos en todo el mundo, convirtiéndose en una emergencia de salud pública a nivel mundial. SARS-CoV-2 es un virus con alta homología con otros coronavirus patogénicos, como los originados por zoonosis con murciélagos (SARS-CoV). SARS-CoV-2/COVID-19 ha causado más de 1.41 millones de fallecimientos a nivel mundial y en Colombia van más de 36 mil fallecidos. A partir de la base de datos correspondiente al diagnóstioco de COVID-19 en el Laboratorio de Virología de la Universidad Simón Bolívar con resultado positivo para el virus SARS-CoV-2 entre el 18 de abril y el 31 de mayo del año 2020 se analizó la incidencia y distribución de estratos socioeconómica de los pacientes infectados en las 5 localidades de la ciudad de Barranquilla. En conclusión hubo una progresión más rápida de contagios en el suroriente y suroccidente y un estancamiento en las cifras de contagios en localidades en los cuales inicialmente hubo mayor cantidad de reportes, específicamente la localidad de Riomar. Así mismo, se observo una mayor incidencia en los estratos 1, 2 y 3.Ítem Nucleocapsid protein precursors NCp9 and NCp15 suppress ATP-mediated rescue of AZT-terminated primers by HIV-1 reverse transcriptase(American Society for Microbiology, 2020) Árquez, Moisés A.; Martín-Alonso, Samara; Gorelick, Robert J.; Scott, Walter A.; Acosta-Hoyos, Antonio J.; Menéndez-Arias, LuisIn HIV-1, development of resistance to AZT (3′-azido-3′-deoxythymidine) is mediated by the acquisition of thymidine analogue resistance mutations (TAMs) (i.e. M41L, D67N, K70R, L210W, T215F/Y and K219E/Q) in the viral reverse transcriptase (RT). Clinically relevant combinations of TAMs such as M41L/T215Y or D67N/K70R/T215F/K219Q enhance the ATP-mediated excision of AZT monophosphate (AZTMP) from the 3′ end of the primer, allowing DNA synthesis to continue. Additionally, during HIV-1 maturation, the Gag polyprotein is cleaved to release a mature nucleocapsid protein (NCp7) and two intermediate precursors (NCp9 and NCp15). NC proteins interact with the viral genome and facilitate the reverse transcription process. Using wild-type and TAM-containing RTs, we show that both NCp9 and NCp15 inhibited ATP-mediated rescue of AZTMP-terminated primers annealed to RNA templates but not DNA templates, while NCp7 had no effect on rescue activity. RNase H inactivation by introducing the active site mutation E478Q led to the loss of the inhibitory effect shown by NCp9. NCp15 had a stimulatory effect on the RT's RNase H activity not observed with NCp7 and NCp9. However, analysis of RNase H cleavage patterns revealed that in the presence of NCp9, RNA/DNA complexes containing duplexes of 12 base pairs had reduced stability in comparison with those obtained in the absence of NC, or with NCp7 or NCp15. These effects are expected to have a strong influence on the inhibitory action of NCp9 and NCp15, by affecting the efficiency of RNA-dependent DNA polymerization after unblocking DNA primers terminated with AZTMP and other nucleotide analogues.